Věcná náplň projektu SUSEN je rozdělena do 4 výzkumných programů, které pokrývají komplexní problematiku v oblasti výzkumu reaktorů nové generace. Výzkumné programy projektu SUSEN:
- Technologické a experimentální okruhy (TEO)
- Strukturní a systémová diagnostika (SSD)
- Jaderný palivový cyklus (JPC)
- Materiálový výzkum (MAT)
Každý výzkumný program se dále dělí na několik výzkumných aktivit.
